Дело там такое: все заканчивается как надо в первой части. Далее - если вы внимательно слушали все пресс-релизы разрабов - то узнаете, что действия МЕ2 разворачиваются через 3 месяца после концовки МЕ1.
Моя версия: нам показывают ролик, где шепард натыкается на посланцев пожинателей и его сжигают. Либо это кто покруче. Но факт остается фактом - "залетела" нормандия. Прискорбно но факт. Теперь у нас нет кораблика и вероятней всего многих друзей. Кстати факт остается фактом - что разрабы заявляли - что сейвы можно конвертировать в МЕ2 из МЕ1. И многие наши действия в оригинале будут отражены в сиквеле.... ну например в заставке на корабле либо Кейден либо Эшли огребут взрывной волны и вкусят космической пцли. Но.... это по словам разрабов.