Многие претензии фанатов к нестыковкам можно назвать излишними, вроде как летают корабли и стреляет оружие, почему инопланетяне выглядят так а не иначе (вспомним принципы эволюции), почему все расы дышат одним воздухом, жестикулируют как люди и т.п. Но это всегда будет в космооперах, как и классические звуки взрывов и выстрелов в космосе. Без этого не будет зрелищности и интереса.
Но насчет отсутствия логики в концовке ME3 считаю большинство поклонников правы. Запороли ее разрабы, специально или нет.
К примеру как набранная военная сила влияет на то, выживет ли Шепард при выбросе(взрыве?) и накроет ли Землю огнем или нет?
Понимаю если команда Шепарда на Земле сдерживает риперов пока он идет к цитадели, и если военной силы мало то часть из них погибает, неспособная в своем малом количестве сдержать очередную атаку риперов, вот это было бы логично.