Мне все-таки кажется что теория индоктринации не имеет смысла и это лишь выдача желаемого за действительное. Большую часть аргументов в ее пользу (вроде тех же бесконечных патронов или каким образом Нормандия оказалась на Айтэ) можно объяснить халатностью разработчиков (что они скорее всего и исправят в DLC).Пофигизм Шепарда при разговоре с катализатором можно обьяснить влиянием Жнецов (уж если они способны заменять воспоминания то уж наверняка могут заглушить эмоции и притупить логическое мышление)
Насчет того умирает ли Шепард при контроле.Мне кажется он-то как раз ничего и не контролирует.Его расщепляют на атомы а слепок его личности используется для "перепрошивки" Жнецов и смены их приоритетов.Ведь из слов того же Явика делаем вывод что тело любого существа накапливает в себе опыт этого самого существа.
И кстати,мне одному после прохождения трилогии показалось что во вселенной ME галактика похожа на огромную лабораторию где каждый цикл это отдельный эксперимент а Жнецы - сборщики данных? В этом случае что выберет Шепард в конечном счете значения не имеет так как даже отрицательный результат в исследованиях это тоже результат.