Насколько я помню, после захвата Цитадели Жнецами, та начала менять свои очертания в принципе, что уже намекает на то, что многие были банально раздавлены\обескуражены\отрезаны новым видом Цитадели. Из-за этого же полетела вся сеть связи.
Кстати говоря атака Цербера на Цитадель не носила массового характера: основной задачей был не захват станции, а уничтожение Совета. Насколько мне помнится Президиум полностью взят не был, да - был прорыв в здание СБЦ, но вот что-то я не думаю, все сотрудники СБЦ там находится - Цитадель не маленькая, вполне могла сложиться ситуация, что Цербера было больше. Не стоит отменять того факта, что Цербер по-любому впустил Удина, а о неожиданности нападения свидетельствует сама миссия.
Даже в этой ситуации СБЦ сделало всё возможное, что бы Совет был эвакуирован. Если бы не предательство Удины - так бы оно и было.