Если рассматривать ME3 отдельно от трилогии, то возможно, что так. Если нет, то вполне соответствует духу первой части.
К тому же, авторы художественных произведений далеко не всегда осознают ЧТО они делают. Хорошее творение живёт своей жизнью.
Разработчики делали хорошую мину при плохой игре и следовали корпоративной логике отрицания провала вместо мужественного принятия ответственности, практически свалив всё на Шепарда (!) (мы покончили с ним наконец, ура-ура!). Так что "официальная" позиция в данном вопросе, мягко говоря, сомнительная. Слова Джокера в самом начале трилогии оказались пророческими.
По поводу противоречий - а где их нет? Так же, как что-то не наблюдается ничего лучше, чем ТИ.
Почему вы так в этом уверены?
Проблема концовки не в отсутствии "хеппи-энда" (хотя он и напрашивался эмоционально, а стремление покончить с командером выглядело несколько навязчиво. (Шепард получился настолько крут, что вызывал у самих Биоваров приступы неполноценности?)), а в том, что она не раскрывает тайны жнецов вообще. "Мы, синтетики, вырезаем каждые 50 000 лет органиков, чтобы их не вырезали синтетики." Кем нужно быть, чтобы удовлетвориться, кхм, этим?! И утверждать, что концовка нормальная. Светофоров можно даже не касаться.
В отличие от, кхм, "этого", концовка с тёмной энергией предполагает определённую мотивацию у жнецов. Как машины они неизменны и замкнуты сами в себе, а всё замкнутое, не получающее новой информации и не меняющееся - умирает. Так что "жатва" их единственное и самое любимое "развлечение", как поедание мозгов у зомби. Поэтому плевать они хотели на спасение галактики, а их уничтожение становится первым и необходимым шагом на пути решения проблемы тёмной энергии.
Для серии, пожалуй, что так. Для трилогии - нет. Но это всё легко решается переносом в будущее.