Мне кажется, этот вариант как раз близится к 100%. Ведь в любом случае нам дадут новый корабль, новую команду, и нового врага. А упустить такую хорошую возможность для квеста глупо. Опять же, это наверно будет определяться переносом сейвов из третьей части (Что бы определить ЛИ главгероя, и его напарников, что выжили).
И рискну показаться оптимистом - может, биовары не такие дураки, и выпустят DLC, где, скажем, на прообразе корабля будущего, который появится в ME4, Шеп добирается до планеты, где его уже ожидает Джокер and со. Все это, наверно, будет сопровождаться перестрелками и т.д.
Учитывая тот факт, что он выживал в условиях, где любой другой сдох бы пять тысяч раз, то...
Плюс, можно придумать что-нибудь в стиле "Излучение Горна подействовало на Шепа не так, как на других, и он на короткое время стал неуязвим".
И наконец, игроки будут очень разочарованы.