NTFS конечно лучше.
NTFS работает несколько медленнее чем FAT, из-за дополнительно загружаемых сервисов и её системы безопасности. Преимущества FAT быстрее и требует меньше памяти для работы. Если система работает только с FAT, то в память не грузятся драйвера и сервисы, необходимые NTFS, но NTFS обладает встроенными средствами шифрования файлов, разграничение доступа, журналируемость, а при крахе системы с FAT вообще востанавливать что-либо проблематично, недостаток только 1 из ДОСа не юзается.
а для модификации партиции с системой лучше к др. компу винт цеплять или из под ДОСа с др. носителя.
