Либо просто эти ковчеги не успели улететь до начала войны со Жнецами и были уничтожены на верфях. Либо после концовок (ну по крайней мере красной) наступили "темные времена", где как-то не до разбазаривания ресурсов на всякие Инициативы. Так что не обязательно. Если и сделают возвращение в МП, то лет через много тысяч. В такой дали относительно трилогии можно одно будущее создать на все концовки при желании. Шепард-Каталист демилитаризовал Жнецов, синтез не выгорел - что-то пошло не так, уничтожение - тут и так понятно, отказ - никанон из DLC. Но такого мы в ближайшие лет 10 не увидим, еще не остыли впечатления после МЕ3 и разрабы не будут лезть на рожон.)