Положим, знать, что кто-то занимается подрывной деятельностью, совсем не означает попустительствовать. Например, храмовники прекрасно знают, что в Клоаке обитают беглые маги, но поймать того же Андерса, который не особо и скрывается, не могут. Попустительство?
Тайные общества разной направленности существовали во все времена и, я так думаю, во всех мирах. Эльтина могла, допустим, подозревать Петрис, но не иметь доказательств. И не забывайте, что такое Киркволл - крепость-тюрьма для рабов. В таких местах негативной энергетики хватает и в нашем мире, что уж говорить про магический. Я не исключаю вариант, что без Эльтины всё рвануло бы намного раньше.
Опять же, это наши с вами домыслы, в зависимости от симпатии или антипатии к персонажу, а разработчики не озаботили себя прояснением этого момента.